دکتر محمد ملکی از طرفداران انقلاب اسلامی و اولین رییس دانشگاه، پس از انقلاب اسلامی بود، که در همان سال های اول متوجه ماهیت ضد انسانی حکومت اسلامی شد و به دلیل مخالف با رهبری خمینی، و مخالفت با «انقلاب فرهنگی» گرفتار سال ها زندان و شکنجه و رنج های بیشمار شد.
دکتر ملکی به موقع دریافت که «انقلاب فرهنگی» حکومت اسلامی مساوی ست با آغاز ستیز با فرهنگ پیشرفته جهان مدرن از یک سو و ستیز با فرهنگ غیر مذهبی ایران.
ملکی همچنان و تا پایان زندگی، برای آزادی ایران، آزادی زندانیان سیاسی و حمایت از «اقلیت های مذهبی» مبارزه کرد
از گفته های ملکی درباره انقلاب فرهنگی:
«پس از برگزیده شدنم به ریاست دانشگاه تهران، با یک کودتا به نام «انقلاب فرهنگی»، با حمله به دانشگاه‌ها و کشتار تعدادی از دانشجویان همراه با مجروح کردن و دستگیری جمعی از آن‌ها، دانشگاه‌ها را بستند. شورای مدیریت دانشگاه تهران با این امر به مخالفت برخاستند، ولی حاکمیت آن‌ها از جمله اینجانب را دستگیر و به بهانه مخالفت با امر رهبری (آیت الله خمینی) روانه زندان‌ها نمودند. ابتدا به اعدام و سپس به ۱۰ سال زندان محکوم گردیدم. در این مدت با بیرحمانه‌ترین رفتار از جمله زدن کابل به کف پا و سایر نقاط بدنم، آویزان کردن از سقف، کوبیدن سر به دیوار، زدن مشت و لگد که منجر به نابینائی چشم چپم و شکستگی استخوان مچ دست راستم شد و انواع شکنجه‌ها مواجه بودم. بعد از ۵ سال ظاهراً از زندان آزاد شدم ولی ماه‌ها باید هر چند روز یکبار خودم را به دادستانی معرفی می‌کردم تا مورد بازجوئی که خود نوعی شکنجه بود قرار می‌گرفتم.»
یاد و نامش همیشه روشن
بنیاد میراث پاسارگاد